《通知》要求，地方各级商务主管部门要站在创建社会主义新农村和构建社会主义和谐社会的高度，充分认识开展屠宰加工行业专项整治工作的必要性和紧迫性，做好这次专项整治工作。
《通知》明确了此次专项整治的重点：
一是严厉打击私屠滥宰和制售注水肉、病害肉等不法行为。对城乡结合部和其他管理薄弱环节，要加大整治力度，不留死角。对涉黑势力和团伙私屠滥宰和制售注水肉、病害肉等不法行为更要一查到底，严厉打击。
二是全面清理和整顿定点屠宰企业。重点清理和整顿定点屠宰企业不按国家法律法规和标准要求屠宰加工、销售的行为；坚决关闭设施简陋、不具备基本的质量和卫生保障措施的手工屠宰场点；加强对屠宰企业专业技术人员的培训，逐步实行专业技术人员持证上岗。开展生猪屠宰企业资质等级认定试点工作的省市，在按照《商务部办公厅关于实施生猪屠宰企业资质等级认定试点工作的通知》（商运字[2006]8号）开展资质等级认定工作的同时，作好对本地区生猪屠宰企业的全面清理整顿工作。
三是加强对定点屠宰加工企业肉品品质检验工作的监督检查。重点检查定点屠宰企业是否落实肉品品质检验制度，是否具备基本的肉品品质检验设备和必须的肉品品质检验人员，是否按照检验程序进行操作。省级商务主管部门要组织有资质的检测机构，对屠宰加工企业生产的肉品进行抽检，尤其是要加强对待宰的生猪中“瘦肉精”和重金属含量的检验，并将抽检结果报商务部畜禽屠宰管理办公室，由商务部统一对外发布。商务部将组织具有资质的检测机构，按照国家有关规定和标准，对各地屠宰企业肉品检验情况进行随机抽检。
四是规范肉品流通秩序，创造公平竞争环境。鼓励质量优、信誉好、品牌知名度高的肉品在全国范围内流通；限制不符合要求、肉品质量安全没有保障的肉品流通。创造条件鼓励实行规模化、工厂化、机械化屠宰，采用冷链加工、运输的定点屠宰企业的肉品在全国范围内流通，要求各地不得以任何形式限制或变相限制这类肉品在本辖区内流通、销售，逐步创建开放、公平、竞争有序的肉品流通环境。
五是加强对地方性屠宰管理法规和收费项目的清理。对各地制定的涉及屠宰加工和肉品流通方面的法律法规、规章及相关规范性文件进行集中清查、整理，对不符合国家法律法规和国务院有关规定的地方法律法规、规章及相关文件，按程序修订或废止。同时，对各地现有的针对生猪屠宰加工企业收取的各种税费情况（如国税、地税、工商管理费和检验检疫费等）进行统计。
《通知》对地方各级商务主管部门提出具体工作要求，一是要求地方各级商务主管部门要把生猪屠宰专项整治作为今年生猪屠宰管理的重点工作，结合本省市具体情况制定实施方案，统一部署，并按计划组织实施。商务部将组织专家成立督察组，对各地开展专项整治的情况随时进行实地检查；二是要求地方各级商务主管部门建立举报、投诉制度。充分发挥社会监督作用，设立举报电话并向社会公开，接受社会各界的投诉、举报和监督；三是要求地方各级商务主管部门建立工作报告与通报制度，安排专人负责专项整治工作，从2006年6月份开始，每月10日前将本省市专项整治的阶段性总结报商务部畜禽屠宰管理办公室。商务部畜禽屠宰管理办公室定期向全国通报专项整治工作情况，对工作扎实、成绩突出的省市予以表扬，对工作不力、投诉较多、问题严重的省市要通报批评；四是要求地方各级商务主管部门建立新闻舆论监督制度。各地在开展专项整治过程中，对大案、要案及典型事件，要组织新闻媒体曝光；同时，组织媒体宣传、报道好的管理经验和价廉质优的肉类品牌。
《通知》特别要求加强屠宰管理机构和执法队伍的自身建设。各地商务主管部门要制定计划，形成制度，加强考核，强化思想和业务素质教育，使所有管理人员、执法人员具备与本职工作相适应的职业道德和知识技能。
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