为进一步做好甲型H1N1流感及禽流感等重大动物疫病防控工作，广东省农业厅紧急会省财政厅下拨2015万元防控经费，用于购买消毒药物、开展疫情监测、加强公路动物防疫监督检查。目前该项资金已下拨至广东省各地。
广东省农业厅成立了防控甲型H1N1流感工作领导小组，同时成立了防控甲型H1N1流感专家组和应急预备队。按照统一部署，全省各市县畜牧兽医部门紧急对规模猪场、生猪养殖户、屠宰场、生猪交易市场等开展地毯式流行学调查。
5月1日至5日，全省各市县（市、区）畜牧兽医部门共出动人员4.25万人（次），检查种猪场1023个（次）、商品代规模猪场2.61万个（次）、生猪散养户19.32万个（次）、屠宰场7457个（次）、生猪市场1072个（次），检查生猪1560.28万头（次），未发现有临床异常表现。
另外，广东省农业厅要求各地加强对大型养殖场周围、生猪中转或保养场、生猪交易市场等地点或地区的消毒，特别是加强对散养猪圈舍的定期消毒工作；加强对粪便、污染物的管理和无害化处理,防止环境污染。五月份集中对全省养殖场户开展一次消毒灭源行动，消除疫情隐患。
目前，广东省各市、县动物卫生监督机构已经强化生猪的产地检疫和屠宰检疫工作。全省18个省境公路动物防疫监督检查站实行24小时值班，进一步加强了对省外运输动物及其产品的监督检查，未发现临床异常的生猪。
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