耕地有限、生产成本高、农产品高度依赖进口是造成日本食品价格昂贵的主要原因。日本耕地面积只有5.04万平方公里，农业生产仅能满足国内需求的40%，绝大多数农产品依靠进口，肥料、农药和农机具的价格也偏高。日本政府从实际出发，通过价格补贴和政策支持等措施来加强对农业保护。
日本农业保护政策主要体现在税制、补贴和控制进口等3个方面。日本农民与城市居民一样，每年需要缴纳与土地关联的税费，但是，如果农业用地被继承人继续用于农业生产的话，遗产税总额超过土地交易价格的部分便可以延期缴纳；如果继承人死亡或者从事农业生产满20年，未缴纳的部分税费就可以免除。在其他税种中，日本政府也对农业网开一面，如从事农业生产的企业或个人可以在事业税、所得税、继承税、赠与税等许多方面得到优惠。
比起税收来，日本的农业补贴对于农民来说优惠更大，农民收入的60%来自政府的补贴，日本政府对农业每年补贴的总额高达4万亿日元以上。据经合组织调查显示：2000年，日本对农业的补贴已经达到国内生产总值的1.4%，而同期的农业产值只占1.1%，农业补贴超过了农业产值。近年来，日本对农业采取巨额补贴的政策不断受到世界贸易组织和一些国家的指责。在此情况下，日本渐渐地改变了农业补贴的做法，如扩大市场的开放度，减少对粮食价格的直接补贴，将支持农业发展的资金更多地投入到对农业人才的培养、农业资源的保护、农业基础设施的更新，以及支持乡村建设等方面。
日本还对进口农产品以提高关税或加征国内批发价的方式来保持国内农产品售价的平稳。以大米为例：日本市场上的大米平均价格相当于国际市场平均价的8倍。进口大米总量只占日本市场的5%左右。而且多数用于饲养业和食品加工业，但进口关税却高达490%。政府以竞标方式把进口额度批给出价最高的进口商，既控制总量，又提高价格。进口米投放市场时，政府有时还要加征国内批发价。如此这般，进口大米的价格优势丧失殆尽，而质量高、口感好的日本大米就能长期占据日本人的餐桌。
日本国产农产品价格普遍高于进口产品。然而，在日本人的心目中，本国农产品的地位仍然不可动摇。这与日本农产品的品牌效应分不开。
比起进口产品，日本更重视通过精心策划的宣传来创造农产品的品牌效应。在日本的农产品广告中经常可以看到“用心培育”的字样，它详细地介绍产品是怎样生产出来的。国内媒体也竭力赞扬本国农产品的美味、营养价值与安全性，使之在日本国人心目中逐渐形成国产品货真价实的印象。另外，日本的农业生产不片面追求高产，而是不惜成本地提高产品的营养成分，改善口感。这样即使本国农产品价格偏高，也不愁没有销路。在超市里，用粮食饲料饲喂产出的鸡蛋比用普通饲料饲喂产出的鸡蛋要贵3-4倍，但依然卖得很好。而那些用普通饲料饲喂产出的鸡蛋反而需要靠打折招徕顾客。“松阪牛”可以算是品牌效应的代表之一。“松阪牛”的饲养程序极为严格，饲料是大麦、豆饼为主的混合饲料。牛长肥后，为了增进其食欲，每天要给牛喝啤酒，为牛按摩，甚至让牛听音乐、接受日光浴。尽管一头优质“松阪牛”的价格在四五千万日元，却仍然深受日本人的欢迎，拥有美国牛肉所无法取代的地位，足见品牌效应对日本人的影响之大。
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